Convertir .flv a .mp4 nunca había sido tan facil en ubuntu

        Normalmente cuando se pasa de un formato a otro con un programa tan popular como como ffmpeg, se utilizan valores que vienen con el programa por defecto que obligan renderizar de nuevo el audio y el stream del vídeo, en una nueva calidad y resolución para poder obtener el video en el formato nuevo (.mp4) tardando muchos minutos en este proceso.

Afortunadamente tanto los FLV como MP4, no son mas que ‘contenedores‘ y cuyo contenido en realidad se encuentra en variedad de formatos, por ejemplo un video bajado de youtube viene normalmente con el stream de video en formato h264 y audio en AAC.

Por lo tanto, la mejor manera de pasar un .flv a .mp4 es indicandole a ffmpeg que simplemente copie todo lo que está dentro del contenedor FLV y lo ponga dentro de un contenedor MP4 de la siguiente manera:

ffmpeg -i video.flv -acodec copy -vcodec copy video.mp4

Logrando con esto que la conversión dure menos de un segundo, en vez de lo que normalmente duraba (varios minutos), sin mencionar que la conversión será completamente sin pérdida.
Y si quieres pasar todos los archivos .flv de una carpeta determinada a .mp4, solo tienes que ejecutar esto en la linea de comandos:

find /carpeta/ -name ‘*.flv’ -exec ffmpeg -i {} -acodec copy -vcodec copy /carpeta/{}.mp4 \;

Fuente: carlosguerrero.com